Yıl 2148. Orijinal Fafner in the Azure TV serisinin sonundan iki yıl sonra, Tatsumiya Adası ve hayatta kalan sakinleri bir nebze olsun iyileşmeye dönmüş durumdalar. Ancak kahramanımız Kazuki için işler umutsuz bir hal almıştır; artık neredeyse kör ve iki yıl önceki Festum'larla olan savaşlarından dolayı kısmen sakat kalmış olan Kazuki, ölen arkadaşı Soushi'nin adaya dönüp her şeyi yeniden yoluna k

Yıl 2148. Orijinal Fafner in the Azure TV serisinin sonundan iki yıl sonra, Tatsumiya Adası ve hayatta kalan sakinleri bir nebze olsun iyileşmeye dönmüş durumdalar. Ancak kahramanımız Kazuki için işler umutsuz bir hal almıştır; artık neredeyse kör ve iki yıl önceki Festum'larla olan savaşlarından dolayı kısmen sakat kalmış olan Kazuki, ölen arkadaşı Soushi'nin adaya dönüp her şeyi yeniden yoluna koyma sözüne tutunmaktadır. Bir gece Tatsumiya Körfezi'ne sürüklenerek gelen insansız bir denizaltının içinde bir yaşam formu tespit edildiğinde Kazuki'nin umutları yeşerir, ancak gemideki kişi Soushi değildir; o, tamamen insan olmayabilecek ve Sōshi tarafından gönderildiğini iddia eden Misao Kurusu adında gizemli bir "çocuktur". Misao'nun gelişiyle birlikte İnsan Ordusu ve Festum arasındaki düşmanlıklar yeniden alevlenir ve Fafner pilotları hayatlarının en çaresiz savaşlarına atılırlar - bu sefer, iki ırkın kaderi omuzlarındadır.