Özet

Üçüncü Etki'den on dört yıl sonra, Dünya kıyamet sonrası bir çorak araziye dönüşmüş, insan medeniyeti harabeye dönmüş ve Shinji Ikari'nin tanıdığı insanlar tanınmaz haldedir. Evangelion Unit-01'in içinde mahsur kalmışken, Asuka Langley Shikinami ve Mari Illustrious Makinami tarafından uzaydan kurtarılır, ancak kendini eski vasisi Misato Katsuragi liderliğindeki bir askeri grup olan WILLE'nin mahkumu olarak bulur. Soğuk ve acı dolu eski dostları ona şüpheyle yaklaşır ve eylemlerinin sonuçlarıyla yüzleşirken ona destek olmayı reddederler. Yaralı ve kafası karışmış Shinji, WILLE'den Rei Ayanami tarafından kurtarılır ve NERV merkezine geri getirilir. Orada, gizemli Kaworu Nagisa ile tanışır ve hızla arkadaş olur. Kaworu ona sıcaklık ve NERV'in Meleklerle olan savaşının durumu hakkında bilgi sunar. Ancak Shinji ve Kaworu'nun kısa huzuru yeni bir savaşın arifesinde yatar; bu savaşta Shinji düşmanlarının artık Melekler değil, eski yoldaşları olduğunu fark eder. Dünyanın geleceğini belirleyecek bu acı yüzleşmede Shinji, geçmişin gerçekten geri alınamayacağını ilk elden öğrenecektir.