Gatchaman II'nin sonunda Lider X'in tamamen yok olduğu sanıldıktan sonra, hayatta kalan bir parçası büyüyüp Z'ye dönüşür. Egobossler ailesinin başı Kont Egobossler (ve iki astı Mechandol ve Kempler) ile birlikte Z, bir kez daha Dünya'yı ve Bilim Ninja Takımı'nı yok etmeye kararlıdır. Anderson'ın ölümünün ardından Dr. Nambu, ISO'nun yeni başkanı olmuş, takım ise artık Gallatown (aka "G-Town") su a

Gatchaman II'nin sonunda Lider X'in tamamen yok olduğu sanıldıktan sonra, hayatta kalan bir parçası büyüyüp Z'ye dönüşür. Egobossler ailesinin başı Kont Egobossler (ve iki astı Mechandol ve Kempler) ile birlikte Z, bir kez daha Dünya'yı ve Bilim Ninja Takımı'nı yok etmeye kararlıdır. Anderson'ın ölümünün ardından Dr. Nambu, ISO'nun yeni başkanı olmuş, takım ise artık Gallatown (aka "G-Town") su altı üssüne hapsedilmiştir. Mühendis Kamo tanıtılır ve New GodPhoenix'in erken bir aşamada yok edilmesinin ardından takım, yeni mecha'ları Gatchaspartan'ı teslim alır. Gatchaspartan'ın ayrıca Ken tarafından (yeni "Gatchafencer" kılıcıyla) kullanılabilen Hypershoot adında özel bir modu da vardır. Dizi ilerledikçe, Hypershoot'un sürekli kullanımından kaynaklanan radyasyonun Ken'i yavaş yavaş öldürdüğü ve devam eden kullanımın ölüm anlamına geleceği öğrenilir. Bu sırada Z, "Poison Apple" kod adlı antimateryal bir asteroid ile Dünya'yı yok etmeyi planlar.