Hope's Peak Academy'den kaçıp dış dünyaya ulaşan Makoto Naegi ve hayatta kalan diğer arkadaşları kısa süre sonra umutsuzluğa karşı savaşan bir kuruluş olan Future Foundation'a katılır. Her şey yoluna girmiş gibi görünürken, Naegi kötü niyetli bir grup Umutsuzluk Kalıntısı'nı savunduğu için ihanetle suçlanır ve tutuklanır. Future Foundation'ın tüm yöneticilerinin karşısında dururken, kendisini Kyou

Hope's Peak Academy'den kaçıp dış dünyaya ulaşan Makoto Naegi ve hayatta kalan diğer arkadaşları kısa süre sonra umutsuzluğa karşı savaşan bir kuruluş olan Future Foundation'a katılır. Her şey yoluna girmiş gibi görünürken, Naegi kötü niyetli bir grup Umutsuzluk Kalıntısı'nı savunduğu için ihanetle suçlanır ve tutuklanır. Future Foundation'ın tüm yöneticilerinin karşısında dururken, kendisini Kyouko Kirigiri ve Aoi Asahina ile birlikte bilinmeyen bir kaderle yüzleşirken bulur. Kuruluşun sözde aşılmaz güvenliği tanıdık bir yüz tarafından hacklenince işler daha da sarpa sarar: Monokuma. Naegi'nin dehşete düşüşüyle, mekanik ayı hemen yeni bir ölüm oyununun başlangıcını duyurur ve birkaç saniye sonra ilk kurban, umutsuzluğun acımasız fetihine devam etmesinin bir işareti olarak ortaya çıkar. Süper Lise Seviyesi Şanslı Öğrenci olan Naegi, meslektaşları ve arkadaşları etrafında birer birer düşerken gizemi bir kez daha çözmek zorundadır. Ancak artık sınıf yargılamaları yok; çaresiz 16 katılımcı arasında sadece bir katil var ve onun ölümü bu cehennemi oyunun sonu demek.