Mars'taki Dördüncü Tokyo kolonisinde, Kirishina Corporation'ın havacılık ve uzay geliştirme alanında öncü parlak beyinlerinin bulunduğu bir sınıf var: Dahi mühendis Kaito Sera liderliğindeki A-TEC, yeni üyesinin gelişini sabırsızlıkla bekliyor. Ancak kısa süre sonra transfer öğrencinin sıradan olmadığı anlaşılır - Kirishina Corporation'ın CEO'sunun küçük kardeşi, A-TEC'in yeni atanmış başkanı Nagi

Mars'taki Dördüncü Tokyo kolonisinde, Kirishina Corporation'ın havacılık ve uzay geliştirme alanında öncü parlak beyinlerinin bulunduğu bir sınıf var: Dahi mühendis Kaito Sera liderliğindeki A-TEC, yeni üyesinin gelişini sabırsızlıkla bekliyor. Ancak kısa süre sonra transfer öğrencinin sıradan olmadığı anlaşılır - Kirishina Corporation'ın CEO'sunun küçük kardeşi, A-TEC'in yeni atanmış başkanı Nagisa Kiryuu, programı kapatmak için gönderilmiştir. Sınıfı hayatta tutmak için Kaito ve öğrencileri, en güçlü roketleri X-2'nin ardılısını geliştirmek için çaresizce çalışırlar; bu sırada Nagisa, kendi görevini takip etmek için şirket içinde yükselir. Buna rağmen, ayrı savaşları yakında Kirishina Corporation'da gözle görülenden çok daha fazlasının yaşandığını ortaya çıkaracaktır. Classroom☆Crisis, Kaito ve Nagisa'nın yanı sıra Kaito'nun küçük kız kardeşi Mizuki ve A-TEC'in test pilotu Iris Shirasaki'yi, entrika, politik savaş ve tüm olasılıklara karşı romantizm dolu bir hikayede takip ediyor. Nagisa ve A-TEC, Kirishina Corporation'ın komplo teorilerine giderek daha fazla sürüklendikçe, arkadaşlıklar gelişir ve geçmişler açığa çıkar, sınıf krizini önlemek için mücadele ederler.