Cho Hatsumei Boy Kanipan, Hatsumei Boy Kanipan'ın devam eden hikayesidir. Kanipan artık bir genç ve hala ünlü bir mucittir. Ancak bir gün, gökyüzünden gizemli bir gemi düşer ve bir sahile çarpar. Geminin içinde kim olduğuna dair hiçbir şey hatırlamayan insansı bir kadın vardır. Kadının hafızasını canlandırmak Kanipan'a düşer ve bu sırada gezegeninin büyük tehlikede olduğunu yanlışlıkla keşfeder.