"Dünyanın En Güçlü Çocuğu" unvanıyla fazlasıyla yetinmiş olan Baki Hanma, günlerini can sıkıntısı içinde geçirir. Nihayet şeytani babası Yuujirou ile olan husumeti sonlandırdıktan sonra Baki, Kourakuen Yer Altı Arenası'nda unvanını savunurken, rakiplerini kolayca yenmesinin getirdiği esnemeleri bastırmaya çalışır. Baki'nin arkadaşları ve akıl hocaları da bu yeni barışçıl durgunlukla mücadele etmek

"Dünyanın En Güçlü Çocuğu" unvanıyla fazlasıyla yetinmiş olan Baki Hanma, günlerini can sıkıntısı içinde geçirir. Nihayet şeytani babası Yuujirou ile olan husumeti sonlandırdıktan sonra Baki, Kourakuen Yer Altı Arenası'nda unvanını savunurken, rakiplerini kolayca yenmesinin getirdiği esnemeleri bastırmaya çalışır. Baki'nin arkadaşları ve akıl hocaları da bu yeni barışçıl durgunlukla mücadele etmekte, pek hevesli olmadan büyük güç antrenmanları yapmaktadırlar. Kısa süre sonra Japonya, uzun süredir devam eden bir bilim deneyinin efsanevi samuray Musashi Miyamoto'nun başarılı bir klonlanmasıyla sonuçlanan ortaya çıkışıyla sarsılır. Ünlü savaşçı, gücünü Baki ve Tokyo'nun diğer dövüş ikonlarına karşı test etmekten keyif alırken, modern çağa uyum sağlamakta zorlanır. Miyamoto, onur ve ölümüne düello gibi antik ideallerine tutunur, bu da daha sakin olan şimdiki zamanla çatışan bir felsefedir. Diriltilmiş kılıç ustası, bu yabancı toplumun zirvesine tırmanmaya çalışırken Baki'nin arkadaşlarını ortadan kaldırır ve intikam peşindeki gençle çatışma rotasına girer. Baki bu heyecan dalgasını kucaklar ve yeni rakibiyle doğrudan yüzleşir.