Önceki Appleseed filmleriyle aynı yönetmen tarafından yönetilmiş olmasına rağmen, bu hikaye önceki filmlerin kanonunu takip etmez; bu, onların başlangıçlarına dair alternatif bir hikayedir. Briareos zaten bir siborgdur ve ESWAT'a katılmak üzere Olympus'ta tekrar bir araya gelmek için Deunan'dan ayrılmamıştır. Appleseed Alpha, 22. yüzyılda Deunan Knute ve Briareos'un, Olympus şehrini arayarak dist

Önceki Appleseed filmleriyle aynı yönetmen tarafından yönetilmiş olmasına rağmen, bu hikaye önceki filmlerin kanonunu takip etmez; bu, onların başlangıçlarına dair alternatif bir hikayedir. Briareos zaten bir siborgdur ve ESWAT'a katılmak üzere Olympus'ta tekrar bir araya gelmek için Deunan'dan ayrılmamıştır. Appleseed Alpha, 22. yüzyılda Deunan Knute ve Briareos'un, Olympus şehrini arayarak distopik New York harabelerinde çıktıkları yolculuklarını tasvir ediyor. Yıkık şehrin savaş ağası Two Horns tarafından iki ayaklı savaş makinelerini ortadan kaldırmak için tutulurlar. Savaş sırasında, görevde olan Iris ve Olson ile karşılaşırlar. Deunan ve Briareos onlarla arkadaş olur ve görevlerine katılmaya karar verirler. Iris, kötü niyetli siborg Talos'un insanların inşa ettiği gizli bir silahı ele geçirmesini engellemekle görevlidir. Talos, devasa savaş makinesini çalıştırmak için Iris'i kullanır.