Nagisa Aoi, Astraea Tepesi'nin zirvesindeki üç prestijli yatılı kız okulundan biri olan St. Miator Kız Akademisi'ne transfer öğrenci olarak yeni okul hayatına başlar. İlk gününde kaybolan Nagisa, büyüleyici zarafeti ve çekiciliğiyle onu revire düşüren gizemli bir öğrenciyle karşılaşır. Uyandığında onu karşılayan, oda arkadaşı Tamao Suzumi olur ve Nagisa'yı kampüsteki günlük hayata ve sosyal yapıy

Nagisa Aoi, Astraea Tepesi'nin zirvesindeki üç prestijli yatılı kız okulundan biri olan St. Miator Kız Akademisi'ne transfer öğrenci olarak yeni okul hayatına başlar. İlk gününde kaybolan Nagisa, büyüleyici zarafeti ve çekiciliğiyle onu revire düşüren gizemli bir öğrenciyle karşılaşır. Uyandığında onu karşılayan, oda arkadaşı Tamao Suzumi olur ve Nagisa'yı kampüsteki günlük hayata ve sosyal yapıya hevesle tanıtır. En önemlisi Tamao, üç okulun hepsindeki olağanüstü bir öğrenci temsilcisinden, yani "Yıldız" Etoile'den bahseder. Bu kişiyi tanımak için can atan Nagisa, daha önce tanıştığı uhrevi güzelliğin, Shizuma Hanazono'nun, tek ve gerçek Etoile olduğunu öğrenir! Dahası, Shizuma'nın Nagisa ile açıkça ilgilendiği anlaşılır! Shizuma ile olan etkileşimleri doğal olarak onu kampüste popüler bir konu haline getirir; ancak bu kadar büyülenmiş olmasına rağmen Nagisa, bir şeylerin yolunda gitmediğini düşünmekten alamaz. Strawberry Panic!, Nagisa, Shizuma ve arkadaşları St. Miator's, St. Spica ve St. Lulim'deki günlük rutinlerini, gizli duygular, geçmiş pişmanlıklar ve yeni olasılıklarla yüzleşirken ilişkiler kurma mücadelesini konu alıyor.