Hikaye milattan sonra 2050 yılında geçiyor ve insanlık uzay teknolojisinde istikrarlı bir ilerleme kaydetmiş durumda. Ancak gezegen, aniden gizemli bir düşman tarafından hedef alınır: 250 yıl sonradan gelen Eldar güçleri. Kendi zamanlarında, milattan sonra 2300'de, gezegenleri Eldar, Dünya tarafından istila edilmiş ve hidrojen bombasının kat kat üzerinde güce sahip olan, silahlarında kullandıkları

Hikaye milattan sonra 2050 yılında geçiyor ve insanlık uzay teknolojisinde istikrarlı bir ilerleme kaydetmiş durumda. Ancak gezegen, aniden gizemli bir düşman tarafından hedef alınır: 250 yıl sonradan gelen Eldar güçleri. Kendi zamanlarında, milattan sonra 2300'de, gezegenleri Eldar, Dünya tarafından istila edilmiş ve hidrojen bombasının kat kat üzerinde güce sahip olan, silahlarında kullandıkları gizemli bir enerji olan Trinity Enerjisi tarafından ağır bir yenilgiye uğratılmıştı. Eldar halkının amacı, Trinity Enerjisi kendilerine karşı kullanılamadan onu çalmaktır. Eldar güçleri, insanlığın o zamana kadar göç ettiği yerlerden biri olan Jüpiter'in uydusu Io'yu ele geçirerek başlar. Bundan sonra, Trinity Enerjisi'ni çalmak için Kozmosor ordularıyla Trinity City'ye saldırmaya başlarlar. Toshiya ve arkadaşları, gezegeni ve Trinity Enerjisi'ni korumak için God Sigma'yı kullanır ve savaş, Io'yu geri almak için uzun bir savaşa dönüşür.