Özet

İkizler Megumu Kobayashi ve Mitsuru Kobayashi, biri kızlara diğeri erkeklere ait farklı okullara giderler. Bir gün, kendi cinsiyetlerinden insanlarla çevrili olmaktan sıkılan ikizler, birbirlerinin yerine geçmeye karar verirler. Aldatmaca bir süre fark edilmese de, romantizm olasılığı ortaya çıktığında işler biraz daha karmaşıklaşır. Kobayashi ga Kawai sugite Tsurai!!, Megumu'nun içten bir itirafının, abisinin kılığına girmişken üst sınıf öğrencisi Aoi Sanada ile öpüşmesine yol açmasıyla başlar. Bu durum, baştan beri kızlarla arası iyi olmayan Aoi'yi, erkeklerden hoşlanıp hoşlanmadığını sorgulamasına neden olur. Benzer şekilde, Mitsuru da okulun kibirli kraliçesi Azusa Tokugawa'yı, onun (kardeşinin) kollarında yüreği hızla çarparken savunmasız bir durumda bulur. İki çift aşk dolu günler yaşar, ancak ikizlerin kimliklerinin karıştığı sırrı henüz ortaya çıkmamıştır...