Pokémon, çeşitli tür ve boyutlarda, sayıları kadar çeşitli yeteneklere, güçlere ve kişiliklere sahip harika yaratıklardır. Doktor Yukinari Ookido, yakalanabilen, eğitilebilen, takas edilebilen ve birbirleriyle savaştırılabilen bu büyüleyici varlıkları incelemeye hayatını adamıştır. Ancak laboratuvarından yapabileceği belli bir ölçü vardır. Bunu akılda tutarak Ookido, iki genç çocuğa kendi Pokémon'

Pokémon, çeşitli tür ve boyutlarda, sayıları kadar çeşitli yeteneklere, güçlere ve kişiliklere sahip harika yaratıklardır. Doktor Yukinari Ookido, yakalanabilen, eğitilebilen, takas edilebilen ve birbirleriyle savaştırılabilen bu büyüleyici varlıkları incelemeye hayatını adamıştır. Ancak laboratuvarından yapabileceği belli bir ölçü vardır. Bunu akılda tutarak Ookido, iki genç çocuğa kendi Pokémon'larını ve onları kataloglayacak bilgisayarlı bir ansiklopediyi emanet eder. Onlardan biri olan Green, küstah, tutkulu, biraz kibirli ve Doktor Ookido'nun kendi yeğenidir. Diğer çocuk Red ise eşit derecede tutkuludur ve geniş gözlü, hafif toy bir merak duygusuyla doludur. Pokémon: The Origin, Kanto bölgesinde Red'in var olan tüm Pokémon'ları yakalayıp kataloglayarak "Pokédex"ini tamamlama girişimindeki yolculuğunu takip eder. Yol boyunca kendisi ve hedefleri hakkında başlangıçta düşündüğünden daha fazlasını keşfedecektir. Red, Pokémon Ligi'ne giden yolda birer adım olan özel Gym'lerde hem kendini hem de Pokémon'larını test etmek zorunda kalacak, böylece Elite Four'a meydan okuyarak bir Pokémon Ligi Şampiyonu olabilecektir. Şampiyon olma hedeflerinin yanı sıra, Red'in başka sorunları da vardır. Daha uğursuz nedenlerle Pokémon yakalayan ve eğiten başkaları da vardır; bunların başında kötü şöhretli suç örgütü Team Rocket gelir. Red onlara, diğer eğitmenlere, rakibi Green'e ve Kanto'daki tüm vahşi Pokémon'lara karşı galip gelebilirse, kendi hayalini ve Doktor Ookido'nun hayalini de gerçekleştirebilir.