Ninja... Ninja... merhametsiz yarı-tanrılardı, ninja huzuru çağında Japonya'ya karateyle hükmediyorlardı. Ancak, "bazıları" yasaklanmış bir hara-kiri türü uygulayarak ruhlarını gelecekteki yeniden dirilişleri için Kinkaku Tapınağı'na sakladılar. Kaybettikleri tarih çarpıtıldı ve gizlendi, bu ninja hakkındaki gerçek çoktan unutulmuştu. Şimdi, sibernetik teknolojinin ve elektronik ağların evrensell

Ninja... Ninja... merhametsiz yarı-tanrılardı, ninja huzuru çağında Japonya'ya karateyle hükmediyorlardı. Ancak, "bazıları" yasaklanmış bir hara-kiri türü uygulayarak ruhlarını gelecekteki yeniden dirilişleri için Kinkaku Tapınağı'na sakladılar. Kaybettikleri tarih çarpıtıldı ve gizlendi, bu ninja hakkındaki gerçek çoktan unutulmuştu. Şimdi, sibernetik teknolojinin ve elektronik ağların evrenselleşmesinin Tanrı olduğu gelecekte, binlerce yıl öncesinden yeniden dirilmiş uğursuz ninja ruhları aniden Neo-Saitama'nın karanlık gölgelerinde serbest bırakıldı. Fujikido Kenji, karısı ve çocuğu bir ninja çatışmasında öldürülen bir maaşlı çalışandır. Ölümle burun buruna geldiği bir anda Fujikido, esrarengiz bir ninja ruhu tarafından ele geçirilir. Fujikido ölümden kurtulur ve Ninja Slayer olur. Kötücül ninja'ları öldürmeye mahkum, kişisel bir intikam savaşına adanmış bir Azrail. Neo-Saitama'nın distopik yeraltı dünyasında geçen Ninja Slayer, Soukai Syndicate ninjalarına ölümcül dövüşlerde meydan okuyor.