Gizemli bir gelecekte, altı meteor tarafından yok edilmiş bir dünyada Gems adı verilen kristal organizmalar yaşar. Her Gem'in, bedenlerini parçalamak ve süs olarak kullanmak için saldıran Lunarian türüne karşı savaşmak üzere bir görevi vardır. Phos olarak da bilinen Phosphophyllite, genç ve kırılgan bir Gem olup savaş çabalarına arkadaşlarının yardım etmeyi hayal eder. Ancak, hassas durumu nedeni

Gizemli bir gelecekte, altı meteor tarafından yok edilmiş bir dünyada Gems adı verilen kristal organizmalar yaşar. Her Gem'in, bedenlerini parçalamak ve süs olarak kullanmak için saldıran Lunarian türüne karşı savaşmak üzere bir görevi vardır. Phos olarak da bilinen Phosphophyllite, genç ve kırılgan bir Gem olup savaş çabalarına arkadaşlarının yardım etmeyi hayal eder. Ancak, hassas durumu nedeniyle bir ansiklopedi derlemesi görevi verilir. İsteksizce bu göreve başladıktan sonra Phos, vücudunun ürettiği aşındırıcı zehir nedeniyle geceleri izole edilmiş adayı devriye gezmekle görevlendirilmiş zeki bir Gem olan Cinnabar ile tanışır. Cinnabar'ın ne kadar mutsuz olduğunu gördükten sonra Phos, reddedilmiş her iki Gem'in de keyif alabileceği bir rol bulmaya karar verir. Houseki no Kuni, Phos'un faydalı olma ve diğer Gems'leri koruma çabalarını konu alır.