2035 yılında, Japonya'daki bir araştırma tesisinde "The Burst" olarak bilinen bir olay meydana gelir ve hızla yayılan, tüketen ve kendini kopyalayan "Matter" doğar. Kurobe Vadisi'ndeki barajların ve askeri tesislerin kalıntıları arasından yılan gibi süzülen düşman Matter, okyanusa ulaşmasını engellemeye çalışan görev güçleri ve varlığının ardındaki gerçeği arayan paralı askerler tarafından kuşatıl

2035 yılında, Japonya'daki bir araştırma tesisinde "The Burst" olarak bilinen bir olay meydana gelir ve hızla yayılan, tüketen ve kendini kopyalayan "Matter" doğar. Kurobe Vadisi'ndeki barajların ve askeri tesislerin kalıntıları arasından yılan gibi süzülen düşman Matter, okyanusa ulaşmasını engellemeye çalışan görev güçleri ve varlığının ardındaki gerçeği arayan paralı askerler tarafından kuşatılır. Matter'dan kurtarıldıktan sonra Aiko Tachibana sürekli tıbbi gözetim altında yaşamaktadır. Günlerini iyileşmesini bekleyerek kağıttan uçak yapmaya adar. Kısa süre sonra, okulundaki günlük hayatı, transfer öğrenci Yuuya Kanzaki'nin gelişiyle bozulur. Kanzaki, Aiko'nun vücuduyla ilgili pek çok tutarsızlığı ortaya çıkarır. Neden hiç yaralanmıyor ve neden aniden tekerlekli sandalyesine artık ihtiyacı kalmamıştır? Kanzaki, Aiko'nun bildirilenden daha fazla bir varoluşa sahip olduğunu ve The Burst'ü sona erdirmenin anahtarının tek başına Aiko'da olduğunu iddia eder. Artık birçok grubun Aiko ile ilgilenmesiyle, Aiko ve Yuuya müttefikler toplamak ve üzerlerine kapanmadan önce istilaya uğramış vadinin kalbine tehlikeli bir hac yolculuğuna çıkmak zorundadır. Kendilerine karşı işlenen komploydan kaçmak için ikili, su gibi akan bir düşman olan Matter ile yüzleşmek zorundadır. [Yazan: MAL Rewrite]